国士舘大学水泳部は，昭和34年に創立，故三隅一成教授（体育心理学）によって指揮され，創部当初は部員11名にてスタートした。創部当時の練習環境は学内にプールが無かったため，他校のプールを借用して練習を行っていた。
翌昭和35年7月に，日本水泳連盟公認屋外プール（長水路）が世田谷キャンパス内に竣工し，学内での本格的な練習が始まった。初代の指導者は三隅一成教授が部長を務め，監督は木本彰氏であった。
1960年 世田谷屋外プール完成開場式
昭和44年4月には，水泳部のさらなる躍進と発展のために，当時高等学校水泳界で第一の実力者であると定評のあった，大分県佐伯鶴城高等学校の岡田正一教諭（東京オリンピック女子監督）を水泳部監督に迎えた。しかしながら，岡田監督は，白血病により在職十か月で死去された．岡田監督の後任として，インターハイ優勝監督として日本水泳界で実力者であった末廣力教諭（山口県立柳井商工高等学校・1964年東京オリンピック男子コーチ）を新たに監督として迎え入れた。
創部以来，部の強化に尽力された木本彰監督は一身上の都合により昭和47年3月に退職された。また，三隅一成部長は創部以来，水泳部の発展に多大な貢献をしてきたが，残念ながら昭和54年2月に他界された。
昭和59年4月からは，本学出身の橡本安司コーチ（水泳部OB）が就任した。
その後本学出身の泉敏郎研究助手（水泳部OB、現帝京平成大学専任講師）が水泳部の指導者の一員に加わった。
平成4年10月からは，平成4年4月東京大学医学部整形外科学教室よりスポーツ医学を担当すべく赴任した松本高明助教授（当時日本水泳連盟医・科学委員・バルセロナオリンピック競泳ヨーロッパ合宿担当ドクター，現日本水泳連盟学生委員会学生委員長，現体育学部教授・博士（医学））が，監督に就任し，末廣力部長と共に水泳部の指導に当たった。
また、平成6年から平成10年4月まで，コーチとして本学出身の岩原文彦氏（水泳部OB、現国士舘大学体育学部理工学部非常勤講師・日本水泳連盟競泳委員・博士（体育科学））が指導にあたった。
平成9年度に，数々の日本を代表する選手を本学より育成輩出した末廣力教授が，定年により退職され，平成10年度には，体育学部に須藤明治講師（鹿屋体育大学出身・名古屋大学大学院修了，現体育学部教授・博士（医学））が，水泳を担当すべく赴任し，松本高明助教授が部長に，須藤明治専任講師が監督に就任した。
平成13年4月から再度松本が、部長と監督を兼任し、青葉貴明助手（水泳部OB、筑波大学大学院修了，現昭和大学非常勤講師）、平成14年9月から八尋大コーチ（水泳部OB、体育学部出身）、平成16年4月から和田壮生コーチ（水泳部OB、21世紀アジア学部卒、大学院スポーツ・システム研究科修了）と，本学出身の三氏が指導に加わった。
平成19年度からは，4月に理工学部理工学科健康医工学系に本学体育学部出身の和田匡史准教授（水泳部OB、日本体育大学大学院，徳島大学大学院修了，現理工学部教授・博士（医学））が赴任し，7月より監督に就任した。
平成25年4月には本学初の屋内プール（日本水泳連盟公認、短水路、水深3m可動床、SEIKO社製PT-8000記録装置設置）が、世田谷キャンパスに竣工した。
平成27年度から水泳部より、シンクロナイズドスイミング部門が独立し、日本の大学初の単独シンクロナイズドスイミング部が設立された。部長は松本高明体育学部教授（水泳部兼務）、監督は足立夢実職員（水泳部OG、ロンドンオリンピック日本代表）が就任した。また、水泳部内に女子水球部門が設立され、監督に飛田菜七子職員（東京女子体育大学出身、元女子水球日本代表候補，平成28年度女子水球日本代表コーチ）が就任した。
水泳部の現在のスタッフは，松本高明部長（チームドクター兼務、体育学部教授）、和田匡史監督（理工学部教授，スタンフォード大学医学部客員教授（～2017年9月）），地神裕史監督代行兼主任トレーナー（理工学部准教授、理学療法士、AT、博士（医学））、飛田菜々子女子水球監督，八尋大コーチ，和田壮生コーチ（体育学部非常勤講師）、江田佳子（体育学部教務助手），草野伸行（国士舘大学公開講座講師），遠藤太陽アシスタントコーチ（国士舘大学大学院），田中宏樹（国士舘大学大学院），吉岡大翼（水泳部OB、柔道整復師、鍼灸師、AT）、佐田静香トレーナー（理学療法士），内山陽子トレーナー（理学療法士），野矢翔太トレーナー（理学療法士），山口工トレーナー（水泳部OB、柔道整復師），栄養アドバイザーとして内藤祐子体育学部教授，アドバイザーとして橘大輔氏（（株）日本水泳振興会，MCHプール），泉敏郎氏，中村毅氏（水泳部OB，取手市役所），岩原文彦氏，岡島佑樹氏（国士舘大学理工学部研究生），川嶋奈緒子氏（テレビ朝日，本学大学院修了，アテネ，北京オリンピックシンクロナイズドスイミング日本代表），島田大輔氏（水泳部OB、あん摩マッサージ指圧師），という充実した体制の下，活動を行っている。
関東学生選手権：1部優勝（2015年度男子1部総合優勝）
日本学生選手権：シード権獲得、優勝
日本選手権優勝者輩出
国際大会日本代表輩出
オリンピック日本代表輩出
オリンピックメダリスト輩出
オリンピック金メダリスト輩出
教員免許、トレーナー資格、コーチ、上級コーチ資格取得
国内、国外における競泳コーチ輩出